ทั้งนี้ ในภาพรวมของการบริหารจัดการน้ำในปีนี้ ได้มีการเตรียมการและดำเนินการทันทีหลังจากกรมอุตุนิยมวิทยาได้ประกาศ โดยได้มีการประชุมบูรณาการร่วมกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง รวมทั้งได้วางแผนการปรับเปลี่ยนฤดูกาลผลิต โดยเฉพาะข้าว เพื่อไม่ให้ส่งผลกระทบต่อพืชผลทางการเกษตรของเกษตรกร
ด้าน ดร.สมเกียรติ ประจำวงษ์ รองอธิบดีกรมชลประทาน กล่าวว่า จากที่มีปริมาณฝนมากในช่วงที่ผ่านมานั้น ขณะนี้ (5 ตุลาคม 2559) ส่งผลให้มีปริมาณน้ำสูงขึ้นใน 4 เขื่อนหลัก ได้แก่ เขื่อนกิ่วคอหมา เขื่อนป่าสักชลสิทธิ์ เขื่อนขุนด่านปราการชล และเขื่อนรัชชประภา โดยเขื่อนป่าสักฯ มีน้ำไหลเข้าเขื่อนวันละประมาณ 50 ล้าน ลบ.ม. หากไม่มีการพร่องน้ำก็จะเต็มเขื่อนภายในไม่กี่วัน ขณะที่การพร่องน้ำที่เขื่อนพระราม 6 ก่อนไหลสู่แม่น้ำเจ้าพระยาจะต้องไม่เกิน 600 ล้าน ลบ.ม. ซึ่งขณะนี้อยู่ในปริมาณ 536 ล้าน ลบ.ม. จึงอยู่ในระดับที่ไม่ส่งผลกระทบมากนัก ทั้งนี้ สถานการณ์โดยรวมในช่วงปลายสัปดาห์นี้เป็นต้นไป จะยังคงมีปริมาณฝนตามคำคาดการณ์ของกรมอุตุนิยมวิทยา โดยบริเวณที่มีปริมาณฝนมากและอาจส่งผลกระทบ คือ ในพื้นที่ จ.นครสวรรค์ และ จ.ชัยนาท รวมทั้งส่งผลให้บางลุ่มน้ำ เช่น ลุ่มน้ำสะแกกรัง มีน้ำเพิ่มเข้ามาค่อนข้างมาก โดยเมื่อ 2-3 วันที่ผ่านมา มีน้ำไหลเข้ามาไม่ถึง 50 ลบ.ม./วินาที แต่ขณะนี้ปริมาณมากกว่า 100 ลบ.ม./วินาที โดยอาจจะมีปริมาณน้ำสูงสุดในอีก 3 วันข้างหน้า ซึ่งอาจส่งผลให้ปริมาณน้ำในแม่น้ำเจ้าพระยาสูงขึ้นด้วย
อย่างไรก็ตาม ได้มีการควบคุมระดับปริมาณน้ำที่เข้าเขื่อนจะต้องไม่เกิน 2,500 ล้าน ลบ.ม. เช่น เขื่อนเจ้าพระยา หากปล่อยน้ำออกจากเขื่อน ต้องไม่ให้เกิน 2,000 ล้าน ลบ.ม. ซึ่งขณะนี้ท้ายเขื่อนเจ้าพระยามีปริมาณน้ำ 1,853 ล้าน ลบ.ม. ซึ่งได้ส่งผลกระทบให้บริเวณที่อยู่นอกคันน้ำค่อนข้างเต็ม กรมชลประทานจึงได้ทำการระบายน้ำไปทางฝั่งตะวันตก ที่แม่น้ำน้อย แม่น้ำมะขามเฒ่า และแม่น้ำท่าจีน อย่างไรก็ตาม บริเวณแม่น้ำท่าจีนมีลักษณะเป็นคอขวดที่บริเวณ ต.โพธิ์พระยา จ.สุพรรณบุรี ทำให้น้ำระบายได้ไม่มากนัก เมื่อปล่อยน้ำเข้าไปจะอั้นบริเวณดังกล่าว โดยกรมชลประทานได้มีแผนการบริหารจัดการน้ำและจะไม่ปล่อยให้น้ำท่วมพื้นที่การเกษตร โดยจะรอให้เกษตรกรเก็บเกี่ยวก่อนวันที่ 15 ตุลาคม 2559
ทั้งนี้ แนวโน้มสถานการณ์น้ำในขณะนี้อยู่ในภาวะที่ควบคุมได้ และมีแนวโน้มที่ลดลง แต่หากเกิดสถานการณ์วิกฤติ เช่น มีปริมาณฝนตกมากในบางพื้นที่ กรมชลประทานจะบริหารจัดการน้ำ โดยการควบคุมน้ำท้ายเขื่อนให้อยู่ระดับไม่เกิน 2,000 ล้าน ลบ.ม. และผันน้ำไปทางตะวันตกเพิ่มมากขึ้น ซึ่งคาดว่าเกษตรกรจะเก็บเกี่ยวพืชผลได้หมด และไม่ส่งผลกระทบต่อเกษตรกร ซึ่งเหลืออีกประมาณ 2-3 สัปดาห์ก็จะสิ้นฤดูฝนแล้ว โดยกรมชลประทานได้มีการพร่องน้ำเอาไว้ในบริเวณฝั่งตะวันตกตอนล่าง และทดลองสูบน้ำออก อย่างไรก็ตาม หากปริมาณฝนอยู่ในระดับ 60-90 มิลลิเมตร ก็สามารถควบคุมได้ แต่หากมากกว่านี้ก็จะส่งผลกระทบต่อพื้นที่เป็นหย่อมๆ ซึ่งกรมชลประทานได้มีแผนการบริหารจัดการน้ำเตรียมไว้แล้ว